鸡舍清理的时间宜早，一般在上批鸡转出或淘汰后1～2天内开始：①将料塔、饲料储存间及料槽清理干净以避免饲料浪费；②将鸡舍内的鸡粪清出舍外，保证冲洗效果；③按照从上到下的原则对屋顶、坨架、房梁、墙壁、风机、进风口、排风口等处的尘土、蜘蛛网进行清扫；④对饮水系统(如饮水管、减压阀)、供电系统(配电箱、开关、电线)、笼具等设备设施进行清扫；⑤对舍内的风机、电器设备控制开关、闸盒等进行包裹或其他保护。
鸡舍整理时尽量不要将设施和物品移出舍外，要在舍内进行统一整理、冲洗和消毒。如设施或物品必须移出，则在移出前应进行严格的清扫和消毒，以防止细菌或病毒污染其它区域。