1、霉菌毒素能引起法氏囊、胸腺和脾脏等免疫器官萎缩，诱发免疫抑制。引起新城疫、流感等免疫失败。
2、霉菌毒素会造成经常性的拉稀，肠道病久治不愈，饲料便频繁发生，采食量大大减少，体重大大下降。【呕吐霉菌】
3、霉菌毒素具有极强的腐蚀性，对消化道的破坏相当严重。能引起口腔溃疡，嗉囊的炎症以及病情后期的假膜，溃疡性以及增生性肌腺胃炎，在腺胃与肌胃交界处形成溃疡，肌胃角质膜易剥离，角质膜增厚以及角质膜下形成出血溃疡，肠道脆性增大，肠粘膜脱落、坏死。影响机体对营养物质的消化和吸收，饲料利用率和转化率降低。
4、霉菌毒素中毒可导致肝脏多灶性肝细胞坏死，肝细胞增生以及发病前期由于充血而呈暗红色，后期由于脂肪聚集呈黄色，但不管发病前期与后期都为橡皮肝的感觉。胆囊黏膜由于胆小管的增生和坏死而发炎，出现胆囊脆性增大的现象。【黄曲霉菌】
5、霉菌毒素会造成种鸡产蛋下降、蛋壳质量下降、受精率和孵化率下降，孵化中胚胎死亡多见。【玉米赤霉烯酮】
6、霉菌毒素对肾脏的损害表现为肾小管发生变性而阻塞，产生尿酸盐沉积，从而导致痛风症的发生，不明病因腿病增多。【赭曲霉菌】
7、眼炎、皮炎、坏死性肉芽皮炎。【烟曲霉菌】