商品蛋鸡患小肠球虫病容易误诊，该病临床症状，变现为产蛋率升得很慢或到一定的产蛋率后就不升，有的鸡群并不拉稀，粪便相对很干燥的，但粪便很小，短，细象乳猪料。拉稀的鸡群粪便有的也是细，短，小象乳猪料样，有的拉象手掌大小的灰白色奶样稀便，有得象一堆豆皮样的粪便;有的鸡群就不出现烂肉样和血样的粪便。
病鸡出现采食减少，吃料慢，料槽有剩料，有闭眼但精神很好的鸡只;记住这很重要的。剖检病鸡及病死鸡8只，外观全身苍白，冠及肉髯轻度萎缩，腿干无光泽。剖检病变主要在小肠，整个小肠略增粗，且粗细不均，浆膜面见有少数点状出血。剪开肠段自动外翻，肠壁明显增厚，肠粘膜粗糙不平，可见多量白色或灰白色的小颗粒突起，肠内有少许黄色或绿色淡薄内容物，剖检8只鸡肠道病变均一致。
治疗时注意一般的低档的球虫药无效，效果就出不来。应用磺胺类药治疗。疗程要在4-6天，一般在用药的第3天就会采食增多，产蛋增多。 留意要选不影响产蛋的球虫药，不要认为所有的球虫药都影响产蛋。