1日龄感染肾炎病毒的鸡仅出现一过性腹泻，并非所有的鸡都表现腹泻症状。接种病毒7~14天后仔鸡增重受阻，4~21天内可见鸡排白色稀薄粪便。本病病死率受肾炎病毒毒株毒力、家禽品种和品系及实验感染条件等因素影响。在野外条件下，肉仔鸡感染肾炎病毒后有的呈现亚临床感染症状，雏鸡患病呈现僵鸡综合征。
接种后4~21天肾脏有轻度到严重的变色（苍白、褪色），不肿大，呈现肾脏尿酸盐沉积，在心脏、腹膜和肝脏表面沉积着粉笔末样的尿酸盐结晶。组织学变化主要表现为近曲小管上皮细胞变性和坏死，并有颗粒细胞浸润，在变性的上皮细胞浆中见大小不等的嗜酸性颗粒。此外，还见间质淋巴细胞浸润和中度纤维化。