蛋鸡：
病鸡消瘦，胸肌苍白，青年鸡胸腺萎缩或消失。出现程度不一的肠系膜发黑，肠管浆膜层分布黑色絮状物。脾脏、肝脏肿大同肉鸡病变，气囊炎症明显，主要是气囊壁增厚有云雾状分泌附着。卵泡液化、变性坏死、萎缩。肌胃角质层明显溃烂、腺胃乳头消失，部分腺胃角质层萎缩明显，腺胃乳头分泌大量黑褐色液体，且逆流到口腔，使食道内存在大量的黑褐色液体；部分从皮肤外就可以看到嗉囊内的变化。
肉鸡：
1、肌胃、腺胃病变：
肌胃严重溃烂，角质层四分五裂，部分有明显溃疡灶；严重病例（感染霉菌毒素种类较多）腺胃严重肿大呈椭圆型或梭形，腺胃壁增厚，乳头出血、透明肿胀。尤其在2009年和2010年的7-8月份，由于高温高湿，严重病例均出现腺胃明显肿大，导致我国绝大部分兽医和行业专家们都误诊为传染性腺胃炎病。用大量的治疗腺胃炎的药物没有效果！
2、肝脏变化多样化：
多有不规则白色或灰白色坏死点或坏死灶（导致部分人误诊为其它肝炎病）；肝脏肿大，部分脂肪变性，上有肿瘤硬化；有黄染现象；有呈青绿色（沙门氏杆菌样肝脏）；呈黑红色等。但大部分出现肝脏边沿变薄如刀刃，部分肝脏上有霉菌结节。
3、肺脏变化：多成纤维素性肺炎或出血性肺炎；典型的黄曲霉毒素引起的霉菌结节很少见。
4、胸腺明显萎缩，严重鸡只出现胸腺消失，法氏囊萎缩变性（内有灰红色的分泌物，部分出血）。肠粘膜严重脱落。
5、脾脏呈“流感脾”样，肿大、表面浆膜有大量灰白色坏死灶。
6、病鸡气囊增厚，内有云雾状病变；肠系膜变化类同。部分气囊、肠系膜出现明显霉菌结节。