虽然禽类的上呼吸道受多种微生物的持续攻击，但并不是意味着经常发病。禽本身的天然和获得性防御功能可有效的抵抗感染，抑制病原微生物的增殖或阻止其在组织中定植。呼吸道的黏膜纤毛系统可有效的清除病原微生物和颗粒物。
有些病毒性传染病可引起呼吸道局部纤毛脱落和感染细胞溶解，进而引起细胞产物及其碎片的积聚，这为细菌繁殖及细菌接触宿主细胞创造了有利条件，这是细菌性呼吸道传染病的重要致病机理。
从鸡的解剖结构可看出鼻腔对于呼吸道来说就是门户，如果黏膜受损，为病原体敞开了大门，就会引起一系列的病变，所以说鼻炎是大肠杆菌的导火索；病毒、支原体、细菌、应激因素、环境不良都会影响呼吸道黏膜的完整性，使之排异能力下降，给病原体提供感染机会。在鸡舍环境温度高时，鸡为了蒸发散热就会用口呼吸，鸡所呼入的气体有3/4先进入气囊，而气囊又是温暖而潮湿的环境，就很容易发生气囊的病变。