鸡肠毒综合症是由球虫、梭菌等其他病原菌混合感染引起的以肠道菌群失调，临床上以拉稀为主要特征的综合性疾病。此病在气候变化异常、昼夜温差大的季节易发。
发病初期，鸡群一般没有明显症状，精神正常，食欲正常，不出现伤亡。仅是个别鸡出现排稀薄、不成形，内含没有消化的饲料的粪便。此期持续时间较长，可达20-30天。随着时间的延长，整个鸡群开始腹泻，甚至发生水泻，粪便变得更稀薄，不成形、不成堆，比正常粪便所占面积大，粪便中含有更多未消化的饲料，呈浅黄色或淡绿色，有时可见西红柿或鱼肠样粪便，此时鸡群采食量开始下降。在发病的后期，粪便特别稀，内混红褐色物，此期易出现有神经症状的病死鸡，一般呈零星伤亡。
发病初期，十二指肠、空肠的卵黄蒂之前的部分肠黏膜增厚，颜色变浅，呈灰白色，似一层厚厚的皱皮，极易剥离，内含大量脓性黏液；发病的中后期，肠管外观黑紫色，常增粗3-5倍，剪开肠管内容物完全呈红褐色，用剪子刮肠黏膜，其上被覆的一层褐色糠麸样物质完全脱落，只剩下一层薄膜。其他脏器无明显病变。