病初病鸡表现食欲不振，羽毛松乱，两翅下垂，嗜眠，怕冷挤堆。消瘦，贫血，下痢，粪便淡黄色或炒绿色，含有血液，严惩时排出大量的鲜血。有些病鸡头部皮肤淤血，呈蓝紫色，有黑头病之称。
组织滴虫病的主要病变在盲肠和肝脏。盲肠壁变厚和充血，从粘膜渗出的浆液性和出血性渗出物充满盲肠腔，使肠壁扩张，渗出物发生干酪化，形成由脱落上皮、纤维素、以及盲肠内容物共同组成的干酷样肠芯，似香肠样，略带红色，后发展为连续一层层渗出物浓缩而成的一种分层淡黄的物体，中心为黑色的凝固血块。盲肠壁的溃疡可导致盲肠穿孔，引起全身性腹膜炎。肝脏肿大，表面形成圆形或不规则形状下陷的坏死灶，中心为淡黄色或黄绿色，外周边缘为隆起的灰色，成年鸡肝脏坏死灶可融合成片，康复鸡肝脏、盲肠壁形成瘢痕组织。病程1～3周，死亡率可达30%以上，及时治疗的死亡率不高，但病后数周生长缓慢。