坏死性肠炎是由Clostridium perfringens（产气荚膜梭菌）产生的毒素引起的。产气荚膜梭菌生长在肉鸡的小肠部位。它是一种细菌，厌氧条件下生长，并生产出能够抵抗干燥、热、算以及其他不利条件的孢子。由这种细菌产生的孢子在水、土壤、饲料、粪便以及其他环境内随处可见。
虽然，少数产气荚膜梭菌在健康家禽的小肠部位也能普遍发现，但是它们不会致病。在正常情况下，肠道内的有益菌能够保持肠道内的产气荚膜梭菌数量很低。但是，当小肠内的条件发生变化时，产气荚膜梭菌数量会增加，会产生过量毒素导致疾病发生。
任何能对小肠产生刺激的因素都可以导致坏死性肠炎的发生，应激；肠道疾病（尤其是寄生虫病）；肠道寄生虫（尤其是线虫）；霉菌产生的免疫抑制剂（毒枝菌素）；鸡贫血病毒；甘保罗病或者马立克氏病尤其与这种病有联系。