呼吸道感染主要表现啰音、咳嗽、打喷嚏和气喘，伸颈，张口，嗜睡、厌食、体重减轻。肠道感染主要表现食欲欠佳，腹泻，排水样稀粪，死亡率升高。呼吸道隐孢子虫病发病早期可见气囊增厚并含泡沫状、光亮到有色或灰白色的液体，后期有白色干酪样渗出物和实变病灶。肠道隐孢子虫病小肠苍白、肿胀、带有云雾状的粘性液体和气泡，盲肠膨胀，内含黄褐色泡沫样液体。
取病禽的粪便直接涂片，或用改良抗酸法，金胺酚染色法，染色涂片置显微镜10×100下观察，发现卵囊可确诊。或取病离肠道、法氏囊等组织切片染色后镜检，发现虫体也可确诊。